Vroege kynologen hingen  de theorie aan dat  onze  berghonden afstammen  van   de Molossers, wiens wortels in Tibet liggen. Ruim 300 jaar voor Christus zou Alexander de Grote deze Molossers ingebracht hebben in de  Grieks-Romeinse  cultuur. En  toen het Romeinse leger zo’n 3 eeuwen later in noordelijke richting over de Alpen trok, zouden de troepen vele Molossers meegenomen hebben; de grote als trek-, waak- en  beschermhond en de kleinere als veehoeders en -drijvers. Naarmate de reis vorderde en de voorraden en kuddes kleiner werden, zouden de overbodige honden zijn achtergebleven in de Zwitserse dalen. Recente onderzoeken tonen aan dat het wegennet ten tijde van het Romeinse Rijk nooit door het  gebied van Entlebuch en Appenzell kan hebben gelopen. Bovendien  werden  al vóór de  komst  van  de Romeinen  gebruikshonden  gehouden in de noordelijke Alpen. Van deze honden stammen de Sennenhonden zeer waarschijnlijk af.

In de late middeleeuwen begonnen Zwitserse boeren de beboste hoogvlakten in de Alpen te ontginnen om zo weidegrond voor hun vee te creëren. Het grootste deel van het jaar bleef de kudde op zo’n alpenwei en werd gehoed door een ‘Küher’ of ‘Senner’ die dankzij zijn honden de omvangrijke kudde bij elkaar kon houden. Deze Sennenhonden waren dus echte gebruiksdieren die niet gefokt werden vanwege hun uiterlijk maar puur om een bepaalde taak te vervullen. Honden die niet op die taak berekend waren, werden dan ook onherroepelijk afgemaakt. In de tweede helft van de 19e eeuw ontstond er in de Zwitserse welgestelde kringen belangstelling voor rashonden en werd dus het uiterlijk van de hond belangrijk. In eerste instantie ging de interesse vooral uit naar buitenlandse rashonden en pas eind 19e eeuw werd er aandacht geschonken aan de inheemse gebruikshonden. Inmiddels had de industriële revolutie ervoor gezorgd dat er minder behoefte was aan werkhonden waardoor van sommige typen er nog maar enkele exemplaren in leven waren. Die leefden in geïsoleerde gebieden waar de boeren nog wel gebruik maakten van deze vierbenige werkkrachten. Alleen dankzij een groots opgezette reddingsoperatie en doelgericht fokken slaagden Zwitserse kynologen, onder de bezielende leiding van Professor Albert Heim, erin om de Sennenhonden in stand te houden.